Sekolah Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Pematangsiantar, berdiri pada tanggal 25 Oktober 1993. Selama berdiri MTs Negeri telah memiliki 97 orang guru dan pegawai baik PNS maupun Honorer yang berasal dari latar pendidikan S1 maupun S2. Lokasi MTs Negeri Pematangsiantar tepat berada di pinggiran Kota Pematangsiantar, sehingga terhindar dari keributan arus lalu lintas kendaraan disamping itu MTs Negeri juga berada di tengah permukiman penduduk sehingga memudahkan anak-anak warga untuk mendapatkan pendidikan.
Kondisi Madrasah Tsanawiyah Negeri Pematangsiantar terdiri dari Kantor Kepala Madrasah, Kantor Guru, Ruang Perpustakaan, Ruang UKS, 32 ruangan kelas, Musholah, Kantin Sekolah, 9 Kamar Mandi Siswa, 1 Kamar Mandi Guru, serta beberapa sarana dan prasarana olahraga seperti lapangan Volly.
Madrasah Tsanawiyah Negeri Pematangsiantar juga mengaktifkan seluruh siswa-siswinya untuk mengikuti Ekstrakurikuler yang disediakan oleh sekolah untuk meningkatkan daya kreatif siswa, diantaranya Drumband, Pramuka, PMR, Dokter Remaja (UKS), Pencak Silat, Nasyid, Seni Tari, Seni Musik, BBQ (Bina Baca Al Quran), Sepak Bola, Group Pianika, dimana banyak prestasi yang telah diraih dari Ekstrakurikuler baik dari tingkat Kota maupun di tingkat Propinsi bahkan UKS MTs Negeri Pematangsiantar telah mencapai prestasi yang baik sebagai PemenangTerbaik tingkat UKS se-Sumatera Utara dan telah bertanding di tingkat Nasional, dengan memperoleh juara Harapan III tingkat Nasional untuk Penulisan Artikel Kesehatan di tahun 2009.
Tahun 2013 MTsN menjadi sekolah Adiwiyata di Provinsi Sumatera Utara, dengan di perolehnya penghargaan dari Gubernur Sumatera Utara pada tanggal 31 Agustus 2013 dan pada tanggal 21 Desember 2013 MTsN Pematangsiantar menjadi sekolah adiwiyata tingkat nasional 2013 dan menerima penghargaan dari Menteri Lingkungan Hidup dan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan di Jakarta.
Pada tahun 2014 MTsN Pematangsiantar mengikuti perlombaan madrasah awards di bidang kewirausahaan di Jakarta, dan MTsN Pematangsiantar berhasil meraih peringkat pertama untuk tingkat Nasional.
Pada Saat ini MTsN Pematangsiantar sedang giat-giatnya menggalakkan penghafal Al-Qur’an /Tahfidz, Shalat Dhuha dan Shalat Wajib Berjama’ah ketika anak masih berada di lingkungan sekolah. Disamping itu Madrasah menggalakkan kegiatan Ekstrakurikuler mulai dari Pramuka, Marsingband, Da’wah, Nasyid, Khot/Kaligrafi, IPA, Matematika, Bahasa Inggris, Bahasa Arab, Olahraga, UKS (Usaha Kesehatan Sekolah) Dokter Remaja dan lain-lain.